.הקצעת שורשים היא טיפול במחלת חניכיים.

הטיפול נעשה עמוק יותר ביחס להסרת אבנית ומגיע לעומקם של הכיסים הנגועים בבקטריה בחניכיים ומסיר את האבנית אשר הצטברה ונאגרה מתחת לקו החניכיים.

​

כאשר האבנית והרובד חודרים מתחת לחניכיים ומתקיפים את שורש השן, מחלישים את רקמות החניכיים ואף עלולים לגרום לאבדן השן, הקצעת שורשים במקרה זה תהיה דרושה כדי לנקות את שורש השן ולהוציא את הרובד והאבנית

​

טיפול הקצעת שורשים לרוב מתבצע עם הרדמה  במספר פגישות.

​

יתכן שימוש בחומרים אנטיספטים ואנטידלקתיים בתוך כיסי החניכיים כדי לחטא את האזור ולהשמיד כל שארית של בקטריה.